Jakub Čížek působil šest let (2000–2006) jako šéfproducent Mezinárodního hudebního festivalu Pražský podzim, kde se částečně věnoval také dramaturgii, marketingu & public relations.
Festival v té době hostil v Praze mnoho významných zahraničních orchestrů, např. orchestr milánské La Scaly s Riccardem Mutim, orchestr Mariinského divadla s Valerijem Gergijevem, Bamberské symfoniky s Jonathanem Nottem, Berlínské rozhlasové symfoniky s Markem Janowskim, Moskevskou filharmonii s Jurijem Simonovem, BBC Philharmonic s Gianadreou Nosedou, Budapest Festival Orchestra s Ivánem Fischerem, orchestr Mozartea Salcburk, orchestr Sinfonia Varsovia s Krzysztofem Pendereckim a řadu světových sólistů. V roce 2001 zorganizoval evropské turné Moskevské filharmonie.
Později dva roky řídil Odbor mechanických práv a audiovize v Ochranném svazu autorském (OSA), kde se mj. věnoval licencování vydavatelů hudebních CD a DVD.
V roce 2008 nastoupil do Českého rozhlasu. Několik let zde vedl Mezinárodní oddělení, do jehož agendy spadá i mezinárodní výměna hudebních pořadů v rámci Eurorádia. Dále zastával post ředitele Odboru komunikace a vnějších vztahů a tiskového mluvčího Českého rozhlasu. Od roku 2014 působil jako šéfproducent hudební tvorby, do jehož kompetence spadá více než 400 rozhlasových hudebních produkcí ročně převážně z oblasti klasické hudby a jazzu.
Od 1. července 2015 vykonává funkci ředitele Symfonického orchestru Českého rozhlasu.
Vystudoval hudební management na Hudební fakultě JAMU v Brně a Právnickou fakultu Univerzity Karlovy v Praze. Mezi jeho záliby patří vedle hudby a hry na klavír také film, divadlo, sport, cestování a rodina.